Theo đó, có 2 hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền và một số hình phạt bổ sung cùng các biện pháp khắc phục hậu quả kèm theo. Điển hình như:

- Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền đến 500.000 đồng nếu sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không đúng nội dung hướng dẫn sử dụng trên nhãn hoặc không thu gom, để đúng nơi quy định sau khi sử dụng.

- Phạt tiền từ 1.000.000 đến 2.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng thuốc bảo vệ không có tên trong Danh mục thuốc bảo vệ được phép sử dụng tại Việt Nam.

- Phạt tiền đến 3.000.000 đồng nếu sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không đúng nội dung hướng dẫn trên nhãn gây hậu quả nguy hiểm.

- Phạt tiền đến 5.000.000 đồng nếu sử dụng thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng tại Việt Nam.

Nghị định 31/2016/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 25/6/2016 và thay thế Nghị định 114/2013/NĐ-CP .